Der Stiftungsrat besteht aus fünf bis neun Mitgliedern. Sofern möglich ist jeweils ein Vertreter des Fördervereins Schweizer Armeemuseum (VSAM), ein Vertreter einer Standortgemeinde (Thun, Steffisburg oder Burgdorf) und ein Vertreter des Landesmuseums (als Vertreter des Bundesamtes für Kultur) vertreten. Die Amtszeit beträgt 4 Jahre wobei eine Wiederwahl möglich ist. Der Stiftungsrat konstituiert sich selbst.
Der Stiftungsrat übt die oberste Leitung, sowie die Aufsicht und Kontrolle über die Geschäftsführung der Stiftung aus.
Stiftungsrat (Stand 01.06.2020):
| Urs Gerber | Präsident Stiftungsrat
Historiker, Chef Schweizer NNSC-Delegation 2012-2017 |
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| Hansueli Haldimann | Vizepräsident Stiftungsrat
ehem. Waffenplatz Kommandant Thun
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| Daniel Willi | Vertreter Standortgemeinde Steffisburg |  |
| Adrian Muther | Vertreter Verein Schweizer Armeemuseum |  |
| Thomas Schmid | Historiker / Archivar |  |
| Simon Schweizer | Historiker
Geschäftsführer Schweizer Kulturproduktion GmbH |
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| Dr. Erika Hebeisen | Historikerin
Vertretung Schweizer Nationalmuseum |
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| Ulrich H. Rubeli | Rechtsanwalt |  |